Er ist Wirtschaftsprüfer und Steuerberater und ehemaliger Partner einer der „Big Four“ Prüfungs- und Beratungsunternehmen in Wien (PwC). Er hat Handelswissenschaften an der Wirtschaftsuniversität Wien studiert und war rund 40 Jahre in der Prüfung und Beratung von Unternehmen tätig. Schwerpunkt lag in der Beratung von Unternehmen unterschiedlichster Größenordnungen. Unter anderem hat er eine Reihe von Medienunternehmen beraten. Außerdem hat er Vereine betreut und war auch als Rechnungsprüfer tätig.

Mag. Mörtl hat maßgeblich an der Gestaltung der ÖAK (Österreichische Auflagenkontrolle) mitgewirkt und in diesem Zusammenhang eine Reihe von Medien auf die Einhaltung der ÖAK Richtlinien geprüft.

Während seiner Tätigkeit war er außerdem bei PwC und den Vorgesellschaften viele Jahre für den Bereich Marketing und Kommunikation zuständig und redaktionell verantwortlich für die vom Unternehmen herausgegebenen Kundenzeitschriften. Mag. Mörtl war außerdem Buchautor und Verfasser von Artikeln in Zeitschriften.

Johannes Mörtl ist mit Mag. Melitta Mörtl verheiratet, gemeinsam habe sie eine Tochter und einen Sohn.